Cục Hải quan thành phố Cần Thơ tiền thân là Chi cục Hải quan Hậu Giang được thành lập ngày 02/06/1981. Ba mươi chín năm, một chặng đường xây dựng, phát triển trong không khí hòa bình, thống nhất đất nước. Đây là giai đoạn bản lề của công cuộc đổi mới – cả nước đi lên chủ nghĩa xã hội.

Từ buổi ban đầu với 16 đồng chí (15 cán bộ, 01 đồng chí lãnh đạo), quản lý địa bàn tỉnh Hậu Giang (hiện nay, tách ra TP. Cần Thơ, tỉnh Sóc Trăng và tỉnh Hậu Giang), tỉnh Cửu Long (hiện nay, tách ra tỉnh Vĩnh Long và tỉnh Trà Vinh) và tỉnh Minh Hải (hiện nay, tách ra tỉnh Bạc Liêu và tỉnh Cà Mau do Cục Hải quan tỉnh Cà Mau quản lý); ngày nay lực lượng Hải quan Cần Thơ đã có trên 100 cán bộ công chức, bộ máy tổ chức hoàn thiện; chất lượng cán bộ công chức ngày càng được nâng cao cả về phẩm chất đạo đức; cũng như kỹ thuật chuyên môn nghiệp vụ; luôn luôn đổi mới phù hợp với tiến trình hiện đại hóa và nâng cao hiệu quả trong công tác Hải quan. Khối lượng công việc tăng gấp hàng trăm lần so với năm đầu thành lập. Qua thử thách trong công tác Hải quan, các bộ công chức Chi cục Hải quan Hậu Giang đã rèn luyện nên bản lĩnh người công chức Hải quan “cần, kiệm, liêm, chính” xứng đáng với 66 năm truyền thống ngành Hải quan Việt Nam.

Hơn một phần tư thế kỷ đã qua, tuy có lúc trải qua những bước thăng trầm, từ những ngày đầu mới thành lập, với một tập thể mới hình thành, còn rất nhiều khó khăn; thiếu thốn mọi thứ – Từng bước, cán bộ công chức Chi cục Hải quan Hậu Giang đã đoàn kết phấn đấu hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ của mình; quyết tâm, nỗ lực xây dựng cơ sở vật chất, kỹ thuật, triển khai công tác quản lý chuyên môn, nghiệp vụ đi vào thế ổn định, phát triển, đạt nhiều thành tích xuất sắc.

Thành tích ấy có sự cống hiến của các thế hệ cán bộ công chức của Ngành với nhiều tâm huyết, trí tuệ và lao động cật lực. Trong công tác lãnh đạo, quản lý, điều hành, cùng các hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ hải quan, các Sở, Ban ngành địa phương, sự giám sát và ủng hộ của nhân dân.

Ba mươi năm qua dưới sự lãnh đạo của Hội đồng Bộ trưởng, Chính phủ, Bộ ngoại thương, Bộ tài chính; sự lãnh đạo, chỉ đạo của Cục Hải quan trung ương, của Tổng cục Hải quan, của Tỉnh ủy, UBND tỉnh Hậu Giang (tỉnh Cần Thơ), của Thành ủy, UBND thành phố Cần Thơ, Cục Hải quan TP. Cần Thơ đã từng bước phát triển, trưởng thành và lập được nhiều thành tích rất đáng tự hào.

Ngày nay, thành phố Cần Thơ đang trên đà phát triển trở thành thành phố trung tâm của cả khu vực, điều này được khẳng định trong Nghị quyết 45-NQ/TW ngày 17/02/2005 của Bộ chính trị về xây dựng và phát triển thành phố Cần Thơ trong thời kỳ công nghiệp hóa và hiện đại hóa đất nước:”... Xây dựng và phát triển thành phố Cần Thơ trở thành thành phố đồng bằng cấp quốc gia văn minh, hiện đại, xanh, sạch, đẹp, xứng đáng là thành phố cửa ngõ của cả vùng hạ lưu sông Mê kông; là trung tâm công nghiệp, trung tâm thương mại – dịch vụ, du lịch, trung tâm giáo dục – đào tạo và khoa học – công nghệ, trung tâm y tế và văn hóa, là đầu mối quan trọng về giao thông vận tải nội vùng và liên vận quốc tế; là địa bàn trọng điểm giữ vị trí chiến lược về quốc phòng, an ninh của vùng Đồng bằng sông Cửu Long và của cả nước”.

Hải quan Cần Thơ với chặng đường hơn 39 năm xây dựng và phát triển, đã từng bước hoàn thiện và hiện đại để phục vụ cho sự nghiệp công nghiệp hóa – hiện đại hóa và hội nhập kinh tế quốc tế của TP. Cần Thơ và tạo động lực cho cả khu vực Đồng bằng sông Cửu Long phát triển. Điều này được thể hiện qua việc kim ngạch xuất nhập khẩu tăng hàng năm của đơn vị càng ngày càng tăng, năm sau cao hơn năm trước. Chính điều này nói lên sự phát triển mạnh mẽ của thành phố Cần Thơ nói chung và của Cục Hải quan TP. Cần Thơ nói riêng.